تاریخچه برنامه‌ریزی در صنعت نفت ایران به زمان قبل از ملی شدن نفت بر می‌گردد.
برنامه‌ریزی برای اولین بار توسط آقای رینولدز، حفار موفق اولین چاه نفت منطقه نفتون مسجد سلیمان آغاز گردید. هنگامیکه وی در سال ١۲۸٧ شمسی به سمت مدیر کل منطقه نفتخیز جنوب ایران منصوب شد، برنامه‌ریزی، توسعه و ایجاد تسهیلات و امکانات لازم جهت افزایش تولید به ایشان محول گردید (پنجم خردادماه ١۲۸٧، اولین چاه منطقه تفتون مسجد سلیمان به نفت رسید و فوران کرد) اما از آن زمان تا تصویب لایحه ملی شدن صنعت نفت در ۲٩ اسفندماه ١٣۲٩ و خلع ید شرکت نفت انگلیس و ایران و ایجاد شرکت ملی نفت ایران و یا تا زمان تنظیم اولین اساسنامه شرکت ملی نفت ایران در آذرماه ١٣٣١ و حتی بعد از آن تا سال ١٣۴۴ شمسی که بخشنامه‌ای از سوی ریاست هیأت مدیره و مدیر عامل شرکت ملی نفت ایران صادر گردید که به موجب آن در تاریخ ۲۵ دیماه ١٣۴۴ سازمان جدید به تصویب رسید و در این سازمان واحد برنامه‌ریزی و بررسی‌های اقتصادی به عنوان یک واحد ستادی شکل گرفت.
اطلاعات دقیق، موثق و قابل استنادی که نشان‌دهنده ایجاد یک واحد برنامه‌ریزی تلفیقی یا مشابه آن باشد، در دسترس نیست، حتی در نمودار سازمانی سال ١٣٣٩ (١٩٦٠ میلادی) شرکت ملی نفت ایران (صفحه ٩٦۵ از جلد چهارم کتاب مدیران نفت) نیز واحدی به نام برنامه‌ریزی تلفیقی یا نامی مترادف با آن وجود ندارد، ولی مطابق نمودار سازمانی سال ١٣۴٧ (١٩٦۸ میلادی - صفحه ٩٩۸ مدیران نفت) واحد برنامه‌ریزی و مطالعات اقتصادی به عنوان یک واحد ستادی در تهران مستقر بوده که در سال ١٣۴٩ (١٩٧٠ میلادی - صفحه ٩٩٦ مدیران نفت) به کمیته طرح‌ها و برنامه‌ها و سپس به مدیریت برنامه‌ریزی و توسعه تغییر عنوان می‌یابد.
در سال ١٣۵۲ شمسی مسئولیت‌های مرتبط با ذخایر و تاسیسات نفتی و اختیارات مناطق نفتخیز جنوب، پالایشگاه آبادان و تاسیسات ماهشهر از طریق کنسرسیوم به شرکت ملی نفت ایران واگذار و عنوان مدیریت برنامه‌ریزی تلفیقی شرکت ملی نفت ایران نیز از همان زمان تدوین گردید که نمودار سازمانی سال ١٣۵۴ این سازمان با ١٠۴ سمت گویای این واقعیت می‌باشد.
پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی ایران، مدیریت برنامه‌ریزی تلفیقی در شرکت ملی نفت ایران با چارت سازمانی و ٣٣٧ سمت و با گستردگی فعالیتها، در بهمن سال ١٣۵۸ ارتقاء می‌یابد. به تدریج تغییراتی در شیوه سازماندهی شکل می گیرد که منجر به ایجاد سازمانی با ۵٠ سمت و با عنوان معاونت وزیر در برنامه‌ریزی و پژوهش و مدیریت برنامه‌ریزی تلفیقی در سال ٦٧ می گردد. این ترکیب همچنان ادامه می‌یابد تا اینکه در سال ١٣٧٦ طی سند شماره ١٠١٠۵ مورخ ۴/٩/١٣٧٦ اداره کل تشکیلات و روش‌ها، مجدداً تفکیک و به تبع آن در سال ١٣٧۸ مدیریت برنامه‌ریزی تلفیقی با ۵٧ سمت احیاء و از تاریخ ٧/١١/١٣۸١ با تصویب ٧۸ سمت سازمانی ارتقاء می‌یابد.
روند تغییرات این سازمان طی سال‌های گذشته بنا به مصالح و نیاز شرکت ملی نفت ایران نیز ادامه یافت. لذا مطابق آخرین نمودار سازمانی، در حال حاضر این سازمان دارای ۴ معاونت به نام‌های: معاونت برنامه‌ریزی و تلفیق طرح‌ها و برنامه‌ها، معاونت بررسی طرح‌های منابع هیدروکربوری (نفت و گاز)، معاونت بررسی امکان سنجی اقتصادی و مالی طرح‌ها، معاونت ارزشیابی و نظارت بر عملکرد و نظام‌های ایجاد طرح‌ها و ٣ واحد به نام‌های: مرکز اطلاعات مدیریت و سامانه‌ها، نماینده کارفرما در طرح‌های توسعه ای بند "ق"، هماهنگی امور اداری و مالی، با ١۵١ سمت می‌باشد که انتظار می‌رود روند تغییرات براساس نیاز سازمان و اهداف بلندمدت صنعت نفت همچنان ادامه یابد.