تاريخچه برنامه‌ريزي در صنعت نفت ايران به زمان قبل از ملي شدن نفت بر مي‌گردد.

برنامه‌ريزي اولين بار توسط آقاي رينولدز حفار موفق اولين چاه نفت منطقه نفتون مسجد سليمان آغاز گرديد. وقتي وي در سال ١۲۸٧ شمسي به سمت مدير كل منطقه نفتخيز جنوب ايران منصوب شد، وظايف برنامه‌ريزي، توسعه و ايجاد تسهيلات و امكانات براي افزايش توليد به ايشان محول گرديد (پنجم خرداد سال ١۲۸٧ اولين چاه اولين چاه منطقه تفتون مسجد سليمان به نفت رسيد و فوران كرد) اما از آن زمان تا تصويب لايحه ملي شدن صنعت نفت در ۲٩ اسفند ماه ١٣۲٩ و خلع يد از شركت نفت انگليس و ايران و ايجاد شركت ملي نفت ايران و يا تا زمان تنظيم اولين اساسنامه شركت ملي نفت ايران در آذر ماه ١٣٣١ و حتي بعد از آن تا سال ١٣۴۴ شمسي كه بخشنامه‌اي از سوي رياست هيأت مديره و مدير عامل شركت ملي نفت ايران صادر گرديد و به موجب آن در تاريخ ۲۵ ديماه ١٣۴۴ سازمان جديد به تصويب رسيد كه در اين سازمان واحد برنامه‌ريزي و بررسي‌هاي اقتصادي به عنوان يك واحد ستادي شكل گرفت.

اطلاعات دقيق، موثق و قابل استنادي كه نشان‌دهنده ايجاد يك واحد برنامه‌ريزي تلفيقي يا مشابه آن باشد، در دسترس نيست، حتي در نمودار سازماني سال ١٩٦٠ ميلادي شركت ملي نفت ايران (صفحه ٩٦۵ از جلد چهارم كتاب مديران نفت) نيز واحدي بنام برنامه‌ريزي تلفيقي يا نامي مترادف با آن وجود ندارد، ولي مطابق نمودار سازماني سال ١٩٦۸ ميلادي (صفحه ٩٩۸ مديران نفت) واحد برنامه‌ريزي و مطالعات اقتصادي به عنوان يك واحد ستادي در تهران مستقر بوده كه اين واحد در سال ١٩٧٠ ميلادي (صفحه ٩٩٦ مديران نفت) به كميته طرح‌ها و برنامه‌ها و سپس مديريت برنامه‌ريزي و توسعه تغيير عنوان مي‌يابد.

در سال ١٣۵۲ شمسي مسئوليت مربوط به ذخاير و تاسيسات نفتي و اختيارات مناطق نفتخيز جنوب، پالايشگاه آبادان و تاسيسات ماهشهر از طريق كنسرسيوم به شركت ملي نفت ايران واگذار و عنوان مديريت برنامه‌ريزي تلفيقي شركت ملي نفت ايران نيز از همان زمان تدوين و نمودار سازماني سال ١٣۵۴ اين سازمان با ١٠۴، سمت گوياي اين واقعيت مي‌باشد.

پس از پيروزي شكوهمند انقلاب اسلامي ايران، سازمان مديريت برنامه‌ريزي تلفيقي در شركت ملي نفت ايران با چارت سازماني و ٣٣٧ سمت و با گستردگي فعاليتها در بهمن ماه ١٣۵۸ ارتقاء مي‌يابد. به تدريج تغييراتي در شيوه سازماندهي بوجود مي‌آيد كه اين تغييرات منجر به ايجاد سازماني با ۵٠ سمت و با عنوان معاونت وزير در برنامه‌ريزي و پژوهش و مديريت برنامه‌ريزي تلفيقي در سال ٦٧ مي‌شود. اين تركيب همچنان ادامه مي‌يابد تا اينكه در سال ١٣٧٦ طي سند شماره ١٠١٠۵ تاريخ ۴/٩/١٣٧٦ اداره كل تشكيلات و روش‌ها، مجدداً تفكيك و به تبعيت از آن در سال ١٣٧۸ مديريت برنامه‌ريزي تلفيقي با ۵٧ سمت احياء و از تاريخ ٧/١١/١٣۸١ با تصويب ٧۸ سمت سازماني ارتقاء مي‌يابد.

روند تغييرات اين سازمان طي سال‌هاي گذشته بنا به مصالح و نياز شركت ملي نفت ايران نيز ادامه يافت. بنابراين مطابق آخرين نمودار سازماني، در حال حاضر اين سازمان داراي ۴ معاونت؛ معاونت برنامه‌ريزي و تلفيق طرح‌ها، معاونت بررسي طرح‌هاي منابع هيدروكربوري (نفت و گاز)، معاونت بررسي و امكان‌سنجي اقتصادي و مالي طرح‌ها و معاونت نظارت بر مصرف انرژي و ارزشيابي طرح‌ها و ٣ واحد؛ مركز اطلاعات مديريت و سامانه‌ها، نماينده كارفرما در طرح هاي توسعه اي بند "ق" و هماهنگي امور اداري و مالي با ١۴١ سمت مي‌باشد كه انتظار مي‌رود روند تغييرات براساس نياز سازمان و اهداف بلند مدت صنعت نفت همچنان ادامه يابد.